La chiesa venne edificata per volontà della priora Suor Maria del Carretto nel 1566 e ultimata nel 1596, su un edificio pre-esistente. L'edificio ha subito notevoli danni a causa dei bombardamenti anglo-americani del 1943.

Dal luglio 2014 non accoglie più le monache domenicane ma è affidata alla curia palermitana. La proprietà è del FEC (Fondo Edifici Culto).

La chiesa veniva ricordata per la pompa con cui si realizzavano i sepolcri durante la settimana santa, quando veniva esposta la famosa "tila", opera di G. Patricolo.